Organizações da sociedade civil como Survival International alegaram que o Comitê Organizador das Paralimpíadas do Rio de Janeiro foi racista em comunicado oficial ao acusarem os indígenas brasileiros de infanticídio, abuso sexual, estupro, escravidão e tortura, e as descrevendo como “práticas tradicionais.” Survival também alegou que o Comitê apoiava…“a ‘Lei Muwaji,’ um projeto de lei que está sendo promovido por missionários evangélicos como forma de separar famílias indígenas” – o Comitê posteriormente mudou o comunicado negando tal apoio. A Fundação Nacional do Índio (Funai) lamentou o comunicado do Comitê. Dias depois do anúncio seu presidente foi destituído do cargo, embora o Ministério da Justiça negue que seja em razão do comunicado criticando o Comitê das Paralimpíadas. Os organizadores da edição brasileira dos Jogos Paraolímpicos estão entre os finalistas mundiais do prêmio Racista do Ano, realizado pela Survival International. Além da denúncia de racismo, Survival International também está preocupada com os retrocessos na proteção de direitos indígenas com o novo governo do Brasil.